（有諸多演化假說根本沒有科學證據與直系證據
卻以＂科學＂為包裝、打著 "事實"之名迷惑世人。）
一些沒有科學直系證據的演化假說
（本文將不定期增加內容）
沒有證據卻說自己是科學 沒有直系證據卻硬說自己的祖宗是猿猴
就像八卦新聞中要錢不要臉的母女檔
沒有直系關係證據卻硬要認富翁為親生爹一樣荒唐。。。。。。。
生物學教科書的神話故事
幾十年前，台灣的教科書中把吳鳳的神話故事刪去，也出現了彰化縣「陜西村」的質疑。可是大家不知道在我們的國中及高中的生物學標準本教科書中，也有一篇長頸鹿的神話，並且已經講授了許多年。在1990年版的國中生物下冊第50頁上有一段課文說：
「達爾文也發現了生物的性狀彼此間常有差異，……於是，他便對上述（生的多，活的少）的問題，作如下的解釋：『任何一種生物，當個體的數目增多時，生活所需的食物、水或空間便感不足。個體為了生存，彼此必須競爭，以獲得足夠的食物、水或空間。競爭的結果，只有性狀能適應環境的個體，才能夠生存，不適合者便遭淘汰。』接著就在第51頁上繪圖舉出長頸鹿的實例，來說明天擇作用的效果（見此圖)。
這個長頸鹿的故事完全是憑空臆測的神話。因為長頸鹿生長的非洲「草原」，有草也有樹；有高樹也有矮樹。所以叫做「疏林草原」（savannah）。既不像我國蒙古及青海的草原（只有草沒有樹），也不像濃密的森林（有樹而無草）。長頸鹿在非洲的疏林草原上，不論頸部長短（幼鹿當然矮小），絕對不會因為吃不到高處的樹葉而慘遭淘汰。即如達爾文的假說在荒年時，樹木也不會枯死，更不會只有矮樹枯死而僅留高樹。教科書中的這幅圖畫，是把原來編在高中生物課本中的附圖重繪橫排而成。而我國高中生物中的圖片，又是採自美國BSCS （Biological Science Curriculum Study）在1963年時，專為中國（台灣）學生編寫的黃皮課本《生命的探討》（點入見此圖）。最近又看到中國大陸上所用的高中生物甲種本（1985年初版，1989年第5版）中，也採用了這一幅沒有事實根據的圖片。最令人不解的是在這幅圖中，地下滿布青草（台灣的新「高級中學生物」第四冊第4頁上的彩色圖片中更為清晰），但是倒在地面遭到淘汰的短頸鹿，為什麼不肯吃身邊的青草而寧願餓死。長頸鹿雖然喜歡以高樹上的枝葉做為食物，但是君不見台北市立木柵動物園中的長頸鹿，不是每天都在吃食槽中的乾草嗎？足見中學教科書中所畫的故事完全不是事實，當然也不會有達爾文所說「只有頸長者得以生存」的結果（引自李學勇, 1991）。
長頸鹿之祖是什麼？演化論的信奉者可能還會說是某短頸與短腿之生物（例如Palaeotragus、Samotherium等化石）。然而試問：縱使有這類化石，但有證明他們的親子或直系關係嗎？沒有。若無法證明就不要武斷的說長頸鹿是短頸鹿的後代為事實與科學，無法證明就不要說短頸或中頸鹿演化為長頸鹿為事實與科學．沒證據就只能說現代之長頸鹿由其他種動物演化來乃假說、猜想、推論。
又例如狗之祖是什麼？進化論（演化論）的回答是狼。然而試問：有證明過哪一隻狼與某一隻狗間具有親子或直系關係嗎？沒有。既然無法證明就不要武斷的說狗是狼的後代為事實與科學，沒證據就只能說狗由其他種動物演化來乃假說、猜想、推論。另參狗的起源與生存現狀。
非人靈長類演化為人類的假說
我們也常常看到歷史書籍或生物書籍，擺出猿猴演化為猿人、猿人再演化為人類的假想圖。但某些演化論的偏激信奉者，卻以假想圖為真，竟說猿猴演化為人乃事實與科學；某些人竟說那些非人的靈長類化石為人之祖乃事實與真相。然而，我們須要知道，光只是挖出化石是不能證明什麼的，單挖出幾個動物或死人骨頭，是不能證明它是你祖宗。必須證明化石與化石間、化石與現代生物間是否有直系關係，才知是否有演化關係。要證明了直系關係，才能證明其有演化關係。證明不出直系關係，就不能證明演化關係；證明不出直系關係，只能說它們的直系與演化關係乃假設、猜想、或根本沒有演化與直系關係。試問：有任何證據証明那些非人靈長類化石與人類間有著直系關係（演化關係）嗎？？沒有。
人與黑猩猩的基因相似度號稱99.5%以上，被視為他們有共同祖先的證據。然而，人與黑猩猩卻有著截然有別的表現，例如：人類嬰兒幾乎一出生就能游泳，人類脊柱可以彎曲，適宜水中運動；而猿猴的脊柱是不能後伸的。人的軀體之毛較短少，而猿猴毛髮滿布；猿猴不會以流淚表達感情，而人類卻能以淚液表達感情；人類喜歡吃魚、蝦和海藻，而猿猴卻不喜歡；在生物界中，人類與海豚等海洋哺乳動物多是面對面交配的，而猿猴大多是倚伏於背部進行的；人類的少女有處女膜，猿猴類則無；人類婦女們生產時有非常的陣痛，雌性猿猴生產時則無陣痛現象。人類生產的嬰兒，與猿猴亦大有分別。人類的嬰孩期很長，但猿猴出生後就能抓住母猴的長毛，或在母猴的身邊爬行，其智能亦與成年猴相差無幾；猿猴到到十歲時均已成年，然而人類的嬰孩平均要十四個月纔會走路，到十歲時還是「少年」。 人另外還有複雜語言、發達的頭腦、用雙腳走、...等。並且在那不到百分之ㄧ的差異中，其實是有數億種染色體上的核苷酸與黑猩猩排列組合不同，這個數字卻很大，裡面的變化難以計算。此外，基因的序列只是生物遺傳這個複雜系統中最單純的部分，更重要的課題是細胞或器官在其發育的某些特定階段，或在特定環境下由基因表現出特定蛋白質的完整結構與功能、調控基因（regulator genes）的功能等這些都會加大差異。
日本橫濱市的Riken基因組科學中心的Todd Taylor等人把黑猩猩的第22條染色體和人類的第21條染色體作比對。雖然黑猩猩的基因組在2003年8月就出爐了。不過迄今才有更精準的資料可供精確的分析。 黑猩猩的第22條染色體和人類的第21條染色體大致相同，只有1.44%的鹼基有差異。可是令他們感到驚訝的是，這個有差異的地方大多不是出自沒有功能的區域，而是發生在基因內。231個基因中，就有83%有發生過改發胺基酸序的突變。進一步的分析結果顯示，其中20%的突變會造成顯著的結構變化。他們也發現有6萬8000個區域有缺失或插入，佔了染色體的5%。法國國家定序中心的Jean Weissenbach指出，由於第22條染色體僅佔基因組的1%，所以可能還會有上千個基因在人類和黑猩猩間有重大的差異。這對想要尋找人類和黑猩猩關鍵遺傳差異的科學家而言，肯定不是好事。不過Taylor等人還是希望能透過序列比較來找出人類和黑猩猩的重要差異。他們已經找出兩個基因NCAM2和GRIK1，人類的版本中有一段黑猩猩所沒有的大區域，它們和神經的功能有關(科景,2004)。
然有些人卻企圖利用99.5%的表面數字要把黑猩猩和人的關係拉近，疏不知表面上看起來差異小，實際上差異大。相似基因的不同組合會導致非常不同的結果、基因調控的細微差異會導致重大的改變、基因的表達受到環境因素的影響，等等。
由以上可見得，失之毫釐卻差之千里。話又說回來，基因相近也不代表有演化與直系關係，例如我與你的基因間必然比你和黑猩猩間基因更接近，然你我卻不是演化與直系關係。
基因接近=有直系關係？？ 基因相近=曾經有共同祖先的存在？？
另有些人以黑猩猩與人在基因上的相似程度高來推論他們有共同祖先、有人號稱人類與猩猩有同一祖先（代稱人猩祖Ｘ）為事實與科學。但，試問：有準確證據嗎？有找到Ｘ嗎？有證明Ｘ與人的直系關係嗎？有證明Ｘ與黑猩猩的直系關係嗎？？沒有。
沒有證明就不要說人與Ｘ有直系關係為事實與科學，沒有證據就別說Ｘ猿猴的後代有你跟黑猩猩。
沒直系證據就別說Ｘ演化為你與黑猩猩為事實。
沒證據就只能說Ｘ演化為你與黑猩猩乃一種假設、相信、推論或猜想，甚至人猿共祖也有可能並非事實。(另參:從黑猩猩與人類的差別侃"人猩祖"進化臆測)
因遺傳等的關係，通常會使後代間的外型與基因等接近。但是我們可以反過來說：兩類生物外型、基因接近，所以祖先必相同嗎？不，有些人就犯了此邏輯上與推理上的錯誤。例如假設A、B、C都會導致Ｄ，此時D必由B引起嗎？不一定。（比方【上帝創造論】、【智慧設計論】、【外星人創造地球生物論】、....等皆可能會發生不同物種間基因接近，物種卻非來自共同祖先的情形）。因此，「基因接近=有直系關係」「基因相近=曾經有共同祖先的存在」加入等號就成了錯誤的。因此，單以兩不同類生物的基因相近並不能證明牠們有相同祖先．我們只能說：兩不同類生物的基因接近「推測」牠們「可能」有共同祖先，但此推測不是必然正確．故若要說兩不同類生物有共同祖先為事實與科學，就需要有相當之證據，而非籠統的以基因接近來含混．
以旁系來鑑定親緣 僅能輔助
可能有的人會承認說若直系親緣鑑定有困難，就無知的說「人類沒有直系親可鑑那就用旁系親來鑑定啊？」殊不知以旁系來鑑定親緣，僅能做輔助性的說明，不能成為有力的證明。
目前血緣基因鑑定，在直系親屬間較能直接鑑定出，若無法自直系親屬取得血液樣本，則要從其旁系如兄弟姊妹身上取得相互做對照，
然此種血緣基因鑑定無法直接取得有力證明，僅能由鑑定所得的概率做輔助解釋：
人有23對染色體（其中有22對為體染色體，1對為性染色體），在做直系血緣基因認定時，例如鑑定是否為父子等，多會比對體染色體，若無法取得直系親屬的血液樣本，則只能由其旁系身上取得，例如若要證明某女是否為Ａ先生所親生，而若Ａ先生因故（例如已過世）而無法取得血液樣本，則必需自Ａ先生親生子女取得血液樣本與該女做血緣基因比對，通常會先做體染色體再做性染色體比對。旁系體染色體比對方式為，取得該女及Ａ先生親生子女血液樣本做體染色體比對所得係數後，另需與骨髓移植及幹細胞移植所得兄弟姊妹體染色體所得係數做對照，看其落在哪一個層次，再由每一層次所代表的意義做排除、可能、很可能及極有可能的解釋，由於其為對照所得的結果，且與所累積的骨髓移植及幹細胞移植對照資料庫多寡有關，因此只能做輔助說明，不能成為直接證明。
由於旁系體染色體比對只能做輔助證明，因此多會再做旁系性染色體的比對，該女會自其父親處遺傳Ｘ染色體，Ａ先生親生女兒也會自Ａ先生處遺傳Ｘ染色體，二者間做比對，但過去比對發現，即使親生兄弟姊妹，其性染色體比對亦出現過相當低的情形，因此也只能做為輔助參考之用。
總之，以旁系來鑑定親緣，只能做輔助性的說明，不能成為有力的證明。
由上可知，人親生兄弟姐妹在比對親緣關係上都有其困難與不可靠之處，更遑論幾百代前的生物！某些人還無知的說某某猿猴是他直系祖先，真是荒謬。
沒有證據卻說自己是科學，沒有直系證據卻硬說自己的祖宗是猿猴，就像八卦新聞中若干要錢不要臉的母女檔，沒有直系關係證據卻硬要認富翁為親生爹一樣荒唐！
胚胎重演的神話
“重演理論”早就從科學文獻中清除了，但仍有一些進化論的出版物，把它作為科學事實提出來。“重演”一詞是由進化論學生物學家厄恩斯特·赫克爾（Ernst Haeckel），在19世紀末提出的，是“個體發生學重演族系發展史”理論的概括形式。
這個理論假定，活胚胎再次經歷了其假冒祖先經歷的進化過程。赫克爾把在母體子宮裏的發育理論化了：人的胚胎首先顯示魚的特徵，然後是爬行動物的特徵，最後才是人的特徵。
據證實，這個理論完全是偽造的。人們現在知道，假定在人類胚胎早期出現的“鰓”，實際上是人的中耳導管、甲狀旁腺和胸腺的初級階段。
比作“卵黃囊”的胚胎部分，是為嬰兒生產血液的育兒袋。赫克爾和他的追隨者鑒定為“尾巴”那個部分，實際上是脊椎骨；它之所以像尾巴，只是因為它在腿子之前成型了。
在科學界，這是普遍公認的事實，甚至進化論者也接受這個事實。新達爾文主義的創始人之一喬治·蓋洛德·辛普森寫到：“赫克爾說錯了進化原理。現在可以肯定地確立，個體發生學並不重復族系發展史。”
我們在《美國科學家》雜誌上讀到一篇文章：
“的確，生物起源的法則已經完全滅亡了，最終從20世紀50年代的生物教科書中除去了。作為一個受到質疑的嚴肅的理論話題，它在20年代就熄滅了……。”
“重演”的另一有趣之處是，厄恩斯特·赫克爾為了支援自己提出的“重演理論”，成了偽造自己圖畫的高手。赫克爾的偽造企圖說明，魚和人的胚胎互為相似。當他露出馬腳後，唯一的答辯就是其他進化論者，已經承認犯過類似的錯誤：
“對'偽造'做出折衷的供認之後，如果看不到與我並肩工作的、數百位囚徒同事的安慰，我應該考慮自己受到譴責與消滅；那些同事中，有許多最值得信賴的觀察者和值得尊重的生物學家。他們出版的最好的生物學教科書裏，其中的大多數圖表、論文和雜誌，將受到與我的'品'一樣的指控；因為，它們都是不準確的知識，或多或少地被篡改、公式化及編造了。”(本段取自進化論的騙局)
魚類演化為兩生類的假說
爬蟲類演化為鳥類、哺乳類的假說
某些演化論的信奉者宣稱哺乳類與鳥類由爬蟲類演化來為事實與科學、哺乳類與鳥類的祖先為爬蟲類的說法為事實與科學。不過，實際上爬蟲類與鳥類間、爬蟲類與哺乳類間有一些的差異，比如說爬蟲類大多為變溫動物，而鳥類與哺乳類為恆溫動物。試問：從變溫動物到恆溫動物，是怎麼演化？請舉出證據。例如你可能會回答某種介於變溫動物與恆溫動物的生物，這時你就要證明他們有親子直系關係。
若無法證明就不要說恆溫動物是變溫動物的後代為科學，若無法證明就不要說變溫動物演化為恆溫動物是科學與事實。
沒證據就只能說變溫動物演化為恆溫動物乃假說、猜想、推論。
爬蟲類與鳥類間還有一些差異，比如說鳥類肺部實心綿狀，有數個薄壁氣囊，能伸展至內臟各器宮間和骨骼內，有減輕體重、增加浮力和貯藏空氣、調節體溫、幫助呼吸的作用；因此，在稀薄空氣中也能呼吸。有些鳥類甚至能飛過海拔3.1萬英尺高的珠穆朗瑪峰；那裡空氣極其稀薄，人易缺氧死亡；但這些鳥類不但不會死，且自在地遨遊高空。
試問：鳥的氣囊是怎麼演化來？請演化論信奉者舉出證明。例如他們可能會回答其由某種過渡的生物，某種有氣囊的爬蟲，這時請演化論者要證明牠們跟鳥有直系關係。無法證明就不要說鳥類是爬蟲類的後代為事實與科學。無法證明就不要說爬蟲演化為鳥類是事實與科學。
沒證據就只能說爬蟲類動物演化為鳥類乃假說、猜想、推論。
鳥類與爬蟲類間的差異還有：鳥類有羽毛，而目前爬蟲類大多無羽毛。鳥類的羽毛怎麼演化而來？演化論者可能會回答說是某種過渡的生物、某種有羽毛或毛的爬蟲類化石，這時就要請演化論者證明牠們有親子或直系關係、也要說明從鱗片到毛到羽毛怎麼演化。
無法證明它們的直系關係就別說鳥類的羽毛由爬蟲類的麟甲演化來為科學與事實。
無法證明就不要說鳥類是爬蟲類的後代為真相與科學。
沒證據就只能說鳥類為爬蟲類演化來乃假說、猜想、推論。
候鳥在長距離遷徙時有定向識途的本能，牠們利用日月星辰的位置和地球的磁場，作為飛行的羅盤、定向指標。若依據進化論的說法，候鳥的祖先原沒有這種能力，是後來進化來。
試問：這怎麼進化來？有任何證據證明候鳥之直系祖原沒有這種能力嗎？
若沒有證據，就別說候鳥此本能之從無到有的進化為事實與科學；
若沒有證據，就只能說候鳥此本能之從無到有的進化乃假說、猜想、推測。
啄木鳥通過啄鑿樹幹築巢。很多人沒有想到的一點是，這些動物如此強烈地用腦袋連續敲擊樹幹時，怎麼不出現腦溢血之類的事？因為，啄木鳥啄擊樹幹所使用的方式，就如人類用腦袋往牆上釘一顆釘子。如果有人冒險想做這樣的事，那麼他在腦震蕩之後，可能引起腦溢血。可是，啄木鳥能在2.10與2.69秒之間，能夠把堅硬的樹幹啄擊38-43次，並且對它毫無影響。啄木鳥之所以不受損傷，是因為其頭部的結構；啄木鳥的頭骨上，有一個能降低並緩衝撞擊強度的“減震”系統，其頭骨之間有特別軟化的組織。依據進化論的說法，啄木鳥的祖先是不會有這種特殊生理結構，是後來演化來。
試問：這種能力要怎麼進化來？說明之後，請舉出不會這樣到會這樣的進化證據與直系證據。若沒證據，只能說這種進化說乃假說、猜想、推論。
企鵝在最冷的天氣期間孵化牠們的蛋。雌性企鵝每次只產下一個蛋，然後留下給雄性企鵝去孵化。她動身去遙遠的地方為她的丈夫和嬰兒找尋食物。由於四周冰天雪地，她必須去遙遠的地方才能找到食物。雄企鵝要用四個月的時間，去孵化這個蛋。並且在這期間，雄性企鵝攜帶著這隻蛋在牠的兩腳之間，牠從不會把它放在雪地上。如果牠這樣做，蛋便會在數分鐘內結冰和死掉。雄性企鵝有很耐性，在這四個月裏，牠攜帶著這個蛋在牠的腳之間走動。這就是為甚麼牠無法打獵和要捱餓。天氣非常寒冷。當天氣冷得難以忍受時，所有雄性企鵝會攜帶著蛋在牠們的腳之間，聚集在一起。牠們緊挨著彼此，形成圈子，並且這樣，牠們互相溫暖。牠們持續地更換位置，使站在外圍的企鵝，也可得到溫暖。當蛋將要孵化時，企鵝媽媽從狩獵返回來了。企鵝媽媽用牠存放在牠的喉頭裡的食物，來餵飼她的嬰兒。為防止嬰兒結冰，企鵝媽媽和企鵝爸爸攜帶著嬰兒，在牠們的兩腳之間，用牠們腹部的毛皮來保持著牠溫暖。
某些鳥類生蛋前，腹部便有兩三處脫掉了絨毛，代之而生的是一層淳厚的表皮，皮下血管密度增至以往的七倍、厚度增至五倍，這個區域我們稱孵化區。同時，孵化區的細胞液開始大量聚積。如果它沒有自動脫毛，母鳥會自己把毛拔除。這是為了什麼？原來當牠用孵化區接觸蛋的時侯，蛋表面上的溫度就傳達至腦間。其後，腦子就直接控制孵化溫度，或向鳥發出翻蛋或暫停孵化的指令，以便給鳥卵補充新鮮空氣。至於孵卵信息是如何傳入腦間，而母鳥又是如何借助孵化區把反饋信號傳送給幼鳥？演化論的信奉者相信這種能力是後來演化來，試問：這些是怎麼演化來？請說明並請提出演化與直系證據。舉不出證據證明它們的直系關係就別說這種演化假說為事實科學。
沒證據就只能說這種演化論乃假說、猜想、推論。
爬蟲類與哺乳類間也另有一些差異，比如說哺乳類有乳腺，爬蟲類沒有。哺乳動物的乳腺怎麼演化來的？某些演化論者可能回答是由爬蟲類的汗腺演化來，這時請演化論者舉出證明。乳腺與汗腺間的過渡是什麼？請舉出證據。若存在著某種長有介於汗腺與乳腺的器官的生物，你認為他是哺乳類的祖先，這時你就要證明牠們有親子或直系關係。無法證明就不要說哺乳類是爬蟲類的後代為事實。無法證明哺乳類為爬蟲類後代，就不要說爬蟲演化為哺乳類為事實。
沒證據就只能說爬蟲類演化為哺乳動物乃假說、猜想、推論。 （另可參：母乳的奧秘）
鳥類起源的爭議
請點入下列連結：。南極鳥類化石成為鳥類起源爭論焦點
。化石引起鳥類進化新辯論
。帶羽毛恐龍之騙局
。侯連海堅持說：鳥類不起源於恐龍
。鳥類起源理論受到嚴重挑戰
。從始祖鳥說起
無脊椎動物演化到脊椎動物的假說
解釋由無脊椎動物進化成脊椎動物的過程之理論主要有三個。它們當然有很多根據，可是在另一方面，它們亦有不少未能解決的難題存在。所以這些理論都只可以視之為假設而已。此外，這三個理論都各有其合理的地方，那麼，究竟那一個才是正確的呢﹖沒有人能肯定！
（一）假設以環節動物為脊椎動物的祖先
環節動物 (Annelids) 具有標準的兩側對稱，此與標準型的脊椎動物相似。環節動物身體分節，此又與脊椎動物身體之某些部份相似。此外神經系統亦彼此相似。其中央神經系統乃由腦和一條縱走神經索組成，腦子位於身體的前端。
但是，分節現象並不是一個理想的證據，因為環節動物的分節乃由皮膚以至體腔，但脊椎動物之分節則僅限於身體的某些部份，例如脊椎骨。
環節動物的縱走神經索是實心而非空心的。其位置在身體的腹面而非背面。有學者認為脊椎動物是由一條蟲體翻轉而成，口位於頭的下面，這個動物與脊椎動物相似。背腹面翻轉的理論認為蟲體的舊口封閉，而另生一個新口。有學者欲證明脊椎動物之胚胎有一個舊口的痕跡，是由背方穿往腦，而向下開口於頭頂之腹方。但是他們始終找不到強力的證據。故此這個理論便要受到懷疑了。
退一步來說，即使背腹面翻轉的理論被承認，仍然有其他的問題存在。因為環節動物並沒有脊索 (notochord) 和內鰓 (internal gills) 的痕跡。其唯一可解釋的是，有些最簡單的脊索動物 (chordate) 也沒有這些構造的存在。況且環節動物與脊椎動物的中胚層 (mesoderm) 形成方法不相同。因此，沒有人能找出充份的證據可以證明脊椎動物是由環節動物進化而成的。
（二）假設以蛛形動物為脊椎動物的祖先
無脊椎動物界中，節肢動物 (arthropods) 是最進步和最成功的動物。牠們是脊椎動物之祖先的可能性最大。在節肢動物中，可以蛛形類 (arachnids)為代表。
蛛形類動物具有一條腹神經索，
此與環節動物相似。其難以解釋的問題亦如在環節動物中一樣，牠們也需要背腹翻轉，新口代替舊口………等；其分節現象與脊椎動物不同；亦無脊索和內鰓的遺痕。更難解釋者，是蛛形動物具有許多複雜而且具有關節的附肢。沒有人能解釋這些附肢如何變成魚的鰭（較低等脊椎動物的附肢）。如果真的有此進化，就先要將節肢動物的附肢除去，然後脊椎動物的附肢才可以長出來。如果以蛛形類動物作為脊椎動物的祖先的話，牠們就必需將所有的特徵消除才成。
另一理論則謂蛛形類動物並無背腹翻轉的現象。蓋節肢動物的消化道均膨大及分成多段，此一然象與脊椎動物的腦腔及脊椎腔相似。此理論認為蛛形類動物之原來腹神經索向上移，包圍原來之消化道，形成神經系統的腔體，原來消化道因而消失。新的消化道由一個封閉的溝發育而成，此溝位於身體腹面與關節附肢之間。此理論雖能解釋背腹面翻轉的困難，但由一個消化系統轉變成為另一個系統，這個難題是無法解釋的。
（三）假設以棘皮動物為脊椎動物的祖先
很多脊椎動物的中胚層(mesoderm)形成法要經過複雜的過程，但文昌魚（Amphioxus， 一種十分低等的脊索動物）的中胚層形成乃由腸囊 (gut pouch)形成，此與棘皮動物(echinoderms) 相同。此外，某些半索動物 (hemichordate) 的發展過程中，須要經過纖毛幼蟲 (ciliatedlarva)階段，此一幼蟲與棘皮動物的幼蟲同類型。
從生物化學觀點來看，也可以解釋此一理論。柱頭蟲（Balanoglossus， 屬半索動物門）及其他脊索動物之血清與棘皮動物血清相關連，但與其他無脊椎動物的血清則不同。此外，肌肉的化學成份也可以證明棘皮動物與脊索動物的關係最為密切。脊椎動物的肌肉內含有很多磷酸肌酸 (creatine phosphate) 存在，而在無脊椎動物中通常是精氨酸 (arginine) 與磷酸結合成磷酸精氨酸 (phos-phoarginine)。但在棘皮動物中，肌酸和精氨酸都可以找到。此外，精氨酸又可以見於被囊類 （tunicates，屬尾索類 urochordate），及某些半索動物中。因此棘皮動物被認為是脊椎動物的祖先，即是說，脊椎動物是由棘皮動物經長時期漸漸演變成的。
從前文「進化論的可靠性」一章的丁項「胚胎學的證據」中，我們知道不同種類的動物在其發育過程中雖有若干相似的地方，但這並不能肯定地視為進化論的明證。在同章戊項「比較生理學的證據」中，我們也知道血清試驗和其他身體物質化學成份的比較，並不是絕對可靠的。因此，這個理論便有基本上值得懷疑的地方了。
綜合以上三個理論，它們在表面上雖然都有似乎合理的證據，但當我們稍為深入探討時，便不難看出它們的弱點，從而否定了它們的價值了。
假如真的有「進化」這一回事，那麼由無脊椎動物演變成脊椎動物很可能只有一個進化途徑。但是現在卻同時有三個尚有疑問的理論，而且不難有第四，第五………個理論會陸續被提出來。那麼在這眾多的理論中究竟孰是孰非，實在不易判斷（取自進化論商榷）。
植物演化的鴻溝與難題
植物的演化也有許多沒有證據的假說。花以及雌雄蕊怎麼演化而來？請舉出證據。（例如可能有些人會回答孢子穗，這時你就要證明該長有介於包子穗與花的某東西的某植物跟開花植物有直系關係）
若無法證明，就不要說開花植物是牠的後代為事實與科學。
若無法證明就不要說開花植物由它演化來為事實。
沒證據就只能說開花植物為其他非開花植物演化來乃假說、猜想、推論。
有些種子很特別，例如蒲公英的種子會飄、有的植物有豆莢，會把種子彈射出去。（例如豌豆熟了以後，豆莢就要分開來，每邊兩三個豌豆附著，豆莢在太陽下慢慢曬乾，捲縮起來，便將豆子向外彈出，落在相當遠的地方）
試問：這些是怎麼演化？說明之後，請舉出不會這樣到會這樣的進化證據；以及，不會這樣做的植物與會這樣做的植物間的直系關係證據。
某些微生物有葉綠素進行光合作用。具光合作用是怎麼演化來？請說明並請舉出證據。
你見過『旅行樹』麼？牠的葉子很寬，形如水槽，收集熱帶的雨水，和晚上的露水。葉的底部有一盛水的壺狀物，其上有蓋，可盛一、二碗水。壺中的水枯竭之時，壺蓋會垂直的打開，讓壺口毫無攔阻的接受雨水。一旦盛滿了水，壺就自動蓋起，免被日頭曬乾。還有一些特殊植物，例如豬籠草有特殊瓶子其上有蓋，用以擋雨水，蓋的下表面及口緣部份多蜜腺，昆蟲(蚊、蠅尤其是螞蟻居多)常被吸引來到瓶口。袋內頸部處長覆以臘質，極滑不沾水，昆蟲至此常跌入瓶底，該處具有多處消化腺，分秘含蛋白酵素及弱酸的消化液，含氮消化產物則由瓶壁吸收。試問：這些怎麼演化來？
某些花卉是需要蜜蜂來傳花粉受精的：那麼，是誰這樣聰明先變了一隻蜜蜂，並且為要報答蜜蜂的美意，花恰巧就生出蜜來；蜜蜂呢，恰巧就具備了整套用來采蜜與傳達花粉的工具，這就叫人驚奇了。蜜蜂在花粉中工作，花粉往往塞住蜜蜂的氣管，但蜂的腳上恰巧生了一個有毛象刷子似的東西，它可用來救急。科學家說，蜜蜂腳上的毛刷就給進化論者一個當頭的悶棍！蜜蜂的祖先未去采蜜以前，它怎知道需要這一撮毛？如果毛是因進化而來的，那麼第一隻蜜蜂的祖先豈非未待進化早已悶死絕種了，今天那裏還有蜜蜂呢？——這一類的事實，在自然界中，到處皆是，使進化論者無法置答。有人以為弱肉強食，適者生存；但事實上是因環境的保護，生殖率之不同，各種生物之相生相剋，使生物界的數目與勢力，常可保持平衡均勢，不致使弱者滅種。
本能的問題
生物某些本能的由來也是奧秘。例如鸚鵡螺殼內有許多氣室，氣室間有一管子相連，管子貫通整個殼。鸚鵡螺的肉體只住在最外面、最大的一室，稱為「住室」。其他腔室是用來充水或充氣，而非裝內臟。當鸚鵡螺漸長時，會向外再長一個更大的腔室，把舊腔室封住成為氣室。 氣室有什麼功用？當鸚鵡螺要下沉時，牠會將氣室充水，要沉得愈深，就將愈多氣室充水。相反地，要上升就將氣室充氣，牠曾有下潛到600公尺深的紀錄。依據演化論的說法，鸚鵡螺本來不會有這種能力，是後來進化來的。試問：牠的祖先是什麼？這種動物的殼之結構怎麼演化來？最早會用此種充氣充水的方式來讓自己沉浮的生物是如何會以此種充氣充水的方式與配備來讓自己沉浮？
有一種蜥蜴，被命名為basilisk（王蜥）， 能在水面行走並且牠可以跑得極快速。牠腳後的鼓翼使牠能涉水前進。當牠在地上走時，鼓翼會捲曲起來。如果牠遇到危險，牠會迅速地跑入水中，快速地逃走。這時，牠腳後的鼓翼會打開，牠腳的闊度使牠能在水面上走，而不落水被淹。若依據進化論的說法，他的祖先必定沒有這種能力，那他的祖先如何從不會這樣做，到演化會這樣做？這怎麼演化來？有挖出牠的直系祖先的化石嗎？請舉出證據。
某些水甲蟲會抓住氣泡，然後潛水，藉著氣泡呼吸。依據進化論的說法，牠們的祖先是沒有這種行為與能力的。 試問：這種能力要怎麼進化來？說明之後，請舉出不會這樣到會這樣的進化證據。
有一種蜘蛛，僅黃豆大小，卻能將蚌殼移到離地面二十英尺高處在殼內織網，撫育幼蟲，以防危險。蚌殼重量對於微小蜘蛛就相當以一人之力要把十噸鋼鐵舉高到一英哩的空中，是一項非常大工程，非由工程學解決不可，而這個蜘蛛竟能把它移到高處。 原來蜘蛛先選一適當的高處（如樹枝）作為窩巢的根據地，並放出潮絲，繫在蚌殼上，再收緊這絲，等它乾。潮絲一乾，自然縮短，而蚌殼的這一端，就稍稍離地。然後再放潮絲，緊繫蚌殼的另一端，等它乾後，那端也離地而起。這樣繼續下去，終將蚌殼弄到高處。然後佈置成一住所，從事繁殖工作。這大工程，微小蜘蛛為什麼能？為什麼它能認識物理原理而加以利用？絲怎麼這麼強韌？這些種種是怎麼進化來？
說明之後，請舉出不會這樣到會這樣的進化證據與直系證據。
有種黃蜂，產卵後不久就必定死去，不能餵養幼子，在沒死前牠先在牆上用土築一小洞，然後捉隻青蟲或蚱蜢放在洞中，在合適部位上把蚱蜢螫傷，使它昏迷卻不至死，把它保存起來。然後黃蜂開始產卵，卵孵出後幼蟲便可吃蚱蜢的肉，得以存活。它不殺死蚱蜢，是因蚱蜢肉會腐爛恐給它嬰兒致命傷害。母蜂做了這些後就飛到別處不再見它嬰兒；因此母蜂須準確地做完這些工作後生子。依進化論的說法，這種黃蜂的始祖是無這種行為的，是後來進化來。試問：最早會這樣做的黃蜂是怎麼會這樣做？最初會這樣做的黃蜂會這樣做，並不代表後代也會這樣做，其後代這樣的能力是怎麼來？這種行為能遺傳嗎？說明後請舉出證據。
有某一種蛾類毛蟲，休息時候，外型偽裝作樹上的一根小枝。避免被發現而被吃。不會這樣做的毛蟲會被吃掉。請問他怎知要偽裝？據進化論的說法，牠們的祖先是沒有這種行為與能力的，牠祖先由本來的不會到會，是怎麼發生？這種能力要怎麼進化來？說明之後，請舉出不會這樣到會這樣的進化證據與直系證據。
舉不出證據來，就只能說你那種說明乃假說、猜想、推論。
孑孓在水下度過，長大成蚊離開水時，所有器官配備了在水外及飛行所需要的。例如蚊子飛行時，利用能夠探明獵物位置的特殊的感應系統。這些系統像一架裝有熱度、氣體、濕度和氣味探測器的戰鬥機。蚊子甚至還有“根據溫度探測”的能力，以助它在黑暗中發現獵物。某些蚊子的咋血技術，由“六面刀片”組成的切割系統，像鋸子一樣地割破皮膚。在切割過程中，蚊子在傷口上分泌出一種使人的表皮組織麻木的物質，因而使人意識不到自己的血正在被吸取。同時，這種分泌物還防止血液凝固，以保證繼續吸血。若缺少其中的一個因素，那蚊子將不能以血為食，也不能繁衍後代。
試問：以上蚊子的行為是怎麼進化來？孑孓變態為蚊子是要怎麼進化來？
有一種蟲稱做放屁蟲。當牠遇到危險時，反應就跟臭鼬一樣—先放個屁。不過他放的屁不但臭，而且還和滾開的水一樣燙。其製屁區分成兩個區域。第一區有兩種原料，一種是與臭味有關的化合物，另一種是過氧化氫（俗稱雙氧水）。第二區平時則空無一物，但內壁具有分泌酵素的能力。當放屁蟲遇到危險、需要排氣時，第一區中的原料馬上送入第二區。在酵素的作用下，過氧化氫分解成水與氧氣，產生接近100℃的高溫，使水變成燙人的水蒸氣，並使加工區變得像壓力鍋一樣，這團由水蒸氣、臭味的化合物以及數種氣體混和的氣，已經準備好隨時可以爆發了。但是放屁蟲為什麼不會燙傷自己呢？一來是整個過程非常短暫，二來是放屁蟲的製屁第二區牆壁特別厚，而且是由一種特殊的隔熱材質所構成，可以保護牠不被自己的屁燙到（本段摘自此）。 試問這怎麼演化來？其演化證據何在？
眼睛所接受的影像，投射在視網膜上的影像是上下顛倒，左右相反的，經過大腦視覺區運作歷程，轉變成正常的影像。影像還可以被大腦記憶再喚出。這種視覺區的運作歷程與能力、水晶體調節、瞳孔調節、感光細胞、視覺記憶等等要怎麼演化來？你若說是某無眼生物演化為來，請你舉出證據。
不斷修改的演化家族樹
分子演化的結果與形態演化的結果衝突。今日以形態學做演化分析會遇到如：不同分子得到不同的親緣樹、不同的基因重組，不同生物內不同效率的基因修補等問題......
演化樹的修改，也證明演化論只是假說。例如：http://www.sciscape.org/news_detail.php?news_id=1045、 http://www.sciscape.org/news_detail.php?news_id=24、...
其他演化鴻溝與難題
蛇的演化假說
變溫動物到恆溫動物
馬的演化假想 按照一個虛構的順序推測，把馬的進化作為進化論學說主要的化石證據。但是，今天很多進化論者自己坦白地承認，馬的進化的假想已經破產。1980年，在芝加哥的菲爾德自然博物館召開了為期四天的專題座談會，有150位進化論者參加了這次會議。會議就沒有化石記錄、也沒有逐漸進化記載的假想作了討論--對馬的進化的假想。進化論者博伊斯·仁斯博格（Rensberger）在會上說："馬的進化的例子很流行：是由差不多5000萬年以前就有的四趾狐狸型生物，按照漸進順序，進化成今天比狐狸大得多的一趾蹄的馬；這早已是眾所周知的錯誤。與所謂逐漸變化相反，每個過渡形式的化石的出現，是截然不同、始終不變的，隨後絕種以及過渡的形式都是未知的。1
仁斯博格發表針對馬的進化假想的誠實觀點的同時，事實上也提出了該學說在地質記錄中所面臨的最大困境"過渡形式"。著名古生物學家、英國自然史博物館主任科林·帕特森，在博物館的底層仍然給公眾看的關於"馬的進化"展覽會上說："在究竟何謂那段生命（馬的進化史--譯注）的歷史方面，有太多的故事，其中一些比其他更具想象力。最著名的例子，就是仍在樓下展覽的、或許在50年以前就已經準備好的關於馬進化的展品。馬的進化已經作為真理不斷寫入教科書中。現在，我認為這種做法是不愉快的，尤其是提出這些故事的人們，他們自己也意識到這些材料中有投機的成分。"2
那麼，"馬的進化"的假想的基礎是什麼？進化論者用豐富的想象力，通過對生活在印度、北美洲、南美洲及歐洲不同時期不同生物化石有序地排列，闡釋了這一騙人的假想圖表；由不同研究人員提供的、馬的進化的圖表達20多張。對這些彼此不同的譜系圖，進化論者之間並沒有達成共識。其中唯一的共同點是，5500萬年前生活在始新世時期的、類似於狗的一種被稱為"始祖馬"的動物，是馬的最初祖先。但是，這種虛構的從始祖馬到馬的進化聯繫，是完全矛盾的。3
有關馬的進化的毫無根據的斷言，從不斷發現的地質記錄中破滅了；始祖馬與現代馬種（西方馬種和內華達州馬種）的化石顯示，現代馬和他們所稱的馬的祖先，是在同一時期生存的物種。這清楚地說明馬的進化在任何時候都不存在。4
進化論者、作家戈登·R·泰勒，在《大進化秘密》一書中，對達爾文缺乏根據的觀點解釋道："也許，達爾文學說最大的弱點，是古生物學家沒能發現令人信服、演示生物體主要進化性變化的發育與順序的證據……。馬是經常用來解決這一問題的唯一例子。但是，實際上始祖馬與馬類的聯繫是不可思義的；他們聲稱馬的體型連續增加著，可一些變化顯示，它們卻比始祖馬變小了，而不是變大了。把不同來源的標本放到一起，就構成看似具有說服力的進化順序，但實際上並不存在按時、按序排列的證據。5
這些雄辯的事實證明，達爾文學說作為牢固的證據，來描繪馬進化的圖表，不過是荒謬和難以置信的故事而已。
1. 博伊斯·仁斯博格，《休斯頓編年史》，第四章，第15頁，1980年11月5日
2. 科林·帕特森，“哈珀”，1984年2月，第60頁
3. 弗朗西斯·赫廷，《長頸鹿的脖子：達爾文誤入歧途》,紐約Tick nor and Fields,1982年,第30-31頁
4. 弗朗西斯·赫廷,《長頸鹿的脖子：達爾文誤入歧途》,第30-31頁
5. 戈登·拉特雷·泰勒,《大進化秘密》,倫敦,天體書第230頁,1984年 (本段取自馬的進化的神話)
遺傳密碼系統
遺傳系統是一種程式系統。程式系統的優點是它可以重複使用，指揮同樣的反應，而且準確性和調控性提高，此外，程式可以變易，變易可以儲藏，傳遞到子代。但是程式的維持及執行是必須有大量的能源供應。生物體用很多能量在這方面。在概念上，生命可以分成兩個基本面：硬體和軟體。硬體（蛋白質）執行化學催化作用，並且組成結構；軟體（核酸）儲藏與複製訊息，並且指揮與控制硬體。核酸序列中儲藏很多遺傳程式，必須根據「遺傳密碼」翻譯成胺基酸序列。這很像我們通訊用的摩斯密碼，或者電腦語言所用的位元密碼(見圖A,B)。像這樣從一種資訊形式翻譯成完全不同形式的密碼系統，很難想像如何會自然地發生。遺傳密碼系統的出現是演化上的一大謎題（本小段引自生命的研究）。
（以上資料來源：https://blog.xuite.net/a8393021447/twblog/104772042）
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＊本文參考資料 與 延伸閱讀（附網頁連結）：
。DNA親子鑑定
。旁系血親鑑定 只能輔助
。女同時和雙胞兄弟上床 DNA比對不出孩子爸
。生物來源之謎：無同源祖宗細胞？
。分子演化說與型態演化說的矛盾
。李學勇(1991)：達爾文學說的沒落與新物種起源的興起；科學月刊，255。
。李學勇(1991)：再談名存實亡的達爾文學說；科學月刊，257。
。劉鎮發(1991)：探索生命之源；科學月刊，259。
。進化神話 第一部--駁：達爾文物種原始：
http://www.sanmin.com.tw/page-product.asp?pf_id=000093093
。達爾文主義的遲暮
。中國科學家挑戰傳統物種起源理論
。化石朋友
。澄江生物群－寒武紀大爆發的見證
。人類進化的假想：
http://islam.org.hk/evo/chapter10.php、
http://islam.org.hk/evo/chapter10_1.php、
http://islam.org.hk/evo/chapter10_2.php
。人類尚未找到真正祖先？
。含欺詐成分的化石演繹
。猿猴究竟是不是人的祖先？：http://fukan.ynet.com/article.jsp?oid=2949698
。到底誰是四足脊椎動物的祖先
。“曙猿”根本不是類人猿
。從始祖鳥談起
。萬物的奇妙
。不可簡化的複雜
。馬發生了什麼變化？
。進化論的聖像- 課本教的錯在哪裡?
。進化論商榷
。進化vs.設計
。進化論與創造論
。中國人起源的Ｙ染色體研究
。再談中國人起源的Ｙ染色體研究
。叩問達爾文--非基督徒談進化論：
蘆笛：侃談進化論
[1]什麽是科學？什麽是進化論？
[2]關于進化論的一點疑惑
[3]就進化論問題再請教磚家們
[4]進化論是否入侵了神學領域？
[5]進化論果然不是科學
[6]這次是真正謝謝專家賜教了
[7]看猴子如何打出《哈姆雷特》
（中國科學院新聞） 基因轉移論挑戰達爾文進化論
（科技日報新聞） 眼睛進化秘密揭示達爾文進化論遭强力挑戰
欣夫 聽方舟子談達爾文進化論（附衆多網友討論）
孫關龍 達爾文進化論的局限性（首都科技網）
裴雪重 最早懷疑進化論的人是達爾文自己——關于寒武紀生命大爆炸的思考（北京中醫藥大學）
佚名 人類的科學誤區——進化論
蕭立功 寒武紀生物大爆發與達爾文的進化論（《地球》雜志）
陳均遠 寒武紀大爆發和多細胞動物構型方案的起源 （科學雜志）
呂川/張楠 達爾文主義：科學還是信仰？--《審判達爾文》讀後感
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